پس از جدايي توني اوليويرا از سمت سرمربيگري تيم باشگاه با امير قلعه نويي به توافق رسيده و قرارداد خود را با اين سرمربي امضا کرد، قلعه نويي در ليگ 90-91 نيز هدايت سرخپوشان را بر عهده داشت و کسب سهميه آسيا و نايب قهرماني در مسابقات ليگ برتر ماحصل تلاش يک فصله اين سرمربي در تيم تراکتورسازي بود.
قلعه‌نويي پس از عقد قرارداد با تيم راهي منزل سرمربي پيشين تيم (توني اوليويرا) شد تا پس از رخصت از وي فعاليت رسمي خود را در تيم تراکتورسازي تبريز آغاز کند.

سرمربي سرخ پوشان تبريز که امروز قراردادي يک و نيم ساله امضا کرد لحظاتي پيش در اولين جلسه تمرين اين تيم حاضر شد.

امير قلعه‌نويي در حالي سال 90 هدايت تيم تراکتورسازي را بر عهده گرفت که پيش از آن تيم تراکتورسازي تنها در سال 71 توسط واسيلي گوجا به مقام سوم ايران دست يافته بود.
وي در مجموع ليگ برتر و جام حذفي 35 بازي رسمي تيم تراکتورسازي را مربيگري کرد که در جام حذفي در همان بازي اول برابر شهرداري ياسوج در ضربات پنالتي مغلوب و حذف شد.
اما قلعه‌نويي با تراکتورسازي در ليگ برتر با 19 برد، 9 تساوي و 6 شکست و کسب 66 امتياز براي نخستين بار به عنوان نايب قهرماني ليگ برتر فوتبال کشور دست يافته و جواز حضور در باشگاه‌هاي آسيا را دريافت کرد.