مير قلعه‌نويي در حالي سال 90 هدايت تيم تراکتورسازي را بر عهده گرفت که پيش از آن تيم تراکتورسازي تنها در سال 71 توسط واسيلي گوجا به مقام سوم ايران دست يافته بود.
وي در مجموع ليگ برتر و جام حذفي 35 بازي رسمي تيم تراکتورسازي را مربيگري کرد که در جام حذفي در همان بازي اول برابر شهرداري ياسوج در ضربات پنالتي مغلوب و حذف شد.
اما قلعه‌نويي با تراکتورسازي در ليگ برتر با 19 برد، 9 تساوي و 6 شکست و کسب 66 امتياز براي نخستين بار به عنوان نايب قهرماني ليگ برتر فوتبال کشور دست يافته و جواز حضور در باشگاه‌هاي آسيا را دريافت کرد.

• پيروزي رفت و برگشت برابر استقلال تهران
• برد پرگل 4 بر يک برابر پرسپوليس و گرفتن انتقام بعد از 20 سال از اين تيم
• دو هفته صدرنشيني در ليگ برتر براي نخستين بار
• اولين پيروزي برابر ذوب آهن در ليگ برتر در اصفهان
• شکست دادن پرسپوليس در تهران براي نخستين بار در ليگ برتر... بخشي از افتخارات اين مربي با تيم تراکتورسازي است.   

حالا امير قلعه‌نويي جانشين توني اوليويرا شد که 4 سال قبل جانشين خودش در تيم تراکتورسازي شده بود.